离心喷雾干燥机正常运行后，还应定时收料、定时检查各系统运行情况，记录各工艺参数。结束时，应首先关停加热装置，并用水来代替料液以冲洗料管残留料液，然后关闭料泵。当进口温度减低到100℃以下后可以停止送风机和抽风机的运行。接着清理干燥塔和除尘器内余料，关闭除尘器及气锤，最后关闭总电源，完成生产操作。如遇紧急情况，必须立即关停设备，应首先关停送风机和料泵。如果突遇停电，应使塔体自然降温，然后打开排污阀，排尽料浆管道内浆料，并清洗设备。
此外，使用完毕后应将喷雾盘拆下，浸入水中，把残留物质用水清洗干净。在用清水洗不掉时，应用刷子刷洗。因为喷雾盘上的残留物质会带来喷雾不平衡度，严重影响喷头的使用寿命甚至损坏其它机件。喷头工作完毕后和运输过程中切忌卧放。安放不正确，会使主轴弯曲，影响使用，因此安放应有固定架。
清洗：为保证干燥塔体及其管道和所有与成品接触的部件的清洗，得到一流的产品，有规则的清洗设备是十分必要的。当产品品种更换时，或是离心喷雾干燥机已经停产24h以上而未清洗的，应作一次全面彻底的清洗。清洗方法，可根据实际选择干洗、湿洗或化学洗。
干洗：用刷子、吸尘器清扫(适用于小型干燥机)。
湿洗：用60~80℃的热水进行清洗。
化学洗：用碱液、酸液和各种洗涤剂清洗。其中，酸洗：将HNO3配成1~2%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用水清洗；碱洗：将NaOH配成0.5~1%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用清水清洗。
当进行湿洗和化学洗涤后，应将离心喷雾干燥机各部件安装好，进行高温消毒，时间15~30min。
在清洗离心喷雾干燥机时，注意不能用氯及其化合物洗涤。
空气过滤器的清洗，应按周围环境条件，即空气含尘量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含尘量低的6~8星期清洗一次。其中的不锈钢细丝，用碱洗法洗涤后，仍应均匀地敷设到空气过滤器的框架内，并喷以轻质锭子油或真空泵油。